Los ecosistemas costero-marinos de la bahía de Samaná son relevantes para la biodiversidad regional del Caribe, juegan un papel clave como hábitat de especies migratorias y como focos del desarrollo local. Samaná es el mayor estuario de la República Dominicana, y uno de los más importantes del Caribe. La bahía constituye el mayor Santuario de Ballenas Jorobadas del Atlántico Norte, con unos 1,000 ejemplares que la visitan cada año. La iniciativa de zonificación influye en: Parque Nacional Manglares del Bajo Yuna, Península de Samaná, Parque Nacional Los Haitises, Sabana de la Mar, y Zonas marinas y costeras de la Bahía de Samaná.