El estuario de Cojimíes forma parte de la zona especial de Manejo Atacames-Súa- Muisne. En las últimas dos décadas ha sido sometido ha fuertes presiones por otras actividades diferentes a la tradicional pesquería como el reemplazo del manglar por piscinas camaroneras alrededor del estuario y sus esteros, así como el cambio del uso del suelo aguas arriba de las cuencas fluviales.

El principal objetivo en este proyecto fue caracterizar la calidad del agua del Estuario de Cojimies en términos de las condiciones físicas, químicas y bióticas con el fin de establecer una línea base en diferentes condiciones de marea que permita construir procesos de manejo de las aguas del estuario.

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